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影响玉米杂交种纯度的杂株，一类是混杂株，一类是母本去雄不彻底造成的母本自交株。前者的粒型、穗型与典型杂交种有明显区别，易区分；后者从形态上与杂交种无法区别，但由于接受的花粉来源不同，籽粒胚乳层的颜色及透明度有不同表现。这种父本性状在杂交当代直接表现的现象称为花粉直感。据此，可直接将杂交粒勺母本自交粒区分开来。

普通玉米杂交种，籽粒类型可分为马齿型、半马齿型和硬粒型三种。从外形来分，有长木楔、木楔、短木楔、近圆、圆肾形。如果自交系或杂交种中混入了异品种种子，则可以根据籽粒的类型而鉴别。杂交种的形状、大小一般都象母本种子。一般一个制种区的玉米杂交种形状大小比较均匀一致，二代种子比较均匀一致，但与杂交种相比，种于粒大、扁平、颜色浅，购种时应往意。

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